Algumas vacinas oferecidas pelo Ministério da Saúde, como a da influenza (gripe), contém um derivado do mercúrio em sua composição. Ele atua como um conservante, impedindo a contaminação da vacina por fungos, bactérias e outros microrganismos. É normalmente encontrado nos frascos de vacinas multidose, cujo conteúdo será utilizado para a vacinação de diferentes pessoas. Ou seja, não costuma estar presente nas vacinas de dose individual, oferecidas em clínicas privadas.
O mercúrio presente nas vacinas encontra-se em doses muito baixas e é rapidamente eliminado pelo organismo após a aplicação da vacina. Uma série de estudos realizados ao longo das últimas décadas levaram a Organização Mundial da Saúde (OMS) a considerar o uso dessa substância como seguro para a população.